Andrzej Nowakowski był członkiem „Solidarności” od września 1980 r., założycielem NSZZ „Solidarność Służy Zdrowia w Poznaniu. W okresie od 13.12.1981 r. do 04.06.1989 r. prowadził działalność opozycyjną w strukturach podziemnego NSZZ „Solidarność. Od. 1.12.1981 r. do czerwca 1989 roku był przewodniczącym zdelegalizowanej Komisji Zakładowej NSZZ „Solidarność” Państwowego Szpitala Klinicznego nr 4 w Poznaniu (przewodniczącym Komisji Zakładowej był do stycznia 1999 r.).

Był koordynatorem, a także sam udzielał pomocy medycznej setkom osób związanych z „Solidarnością”, osobom ukrywającym się przed Służbą Bezpieczeństwa, rodzinom internowanych i aresztowanych, i wielu potrzebującym.

W okresie od 1982 do 1989 był koordynatorem medycznym darów przekazywanych do Polski z Francji i innych krajów zachodniej Europy do Poznania. Działał w ramach pomocy charytatywnej, prowadzonej przez ks. dyrektora Stanisława Kałka w Domu Księży Emerytów w Poznaniu.

Skala tej pomocy była bardzo duża, tak że magazynowano dary zarówno w Domu Księży Emerytów, jak i w parafiach poznańskich. Sprzęt medyczny i inne dary o charakterze medycznym były przekazywane bezpośrednio do różnych ośrodków medycznych.

Wśród darów były również przekazywane materiały i urządzenia dla podziemnych struktur NSZZ „Solidarność”.

W 1982 roku został zwolniony z Akademii Medycznej w Poznaniu i przywrócony do pracy w 1983 roku, po odwołaniu złożonym w Radzie Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego.

W stanie wojennym, jako nauczyciel akademicki był szczególnie inwigilowany przez Służbę Bezpieczeństwa, szykanowany, odsuwany od zajęć dydaktycznych ze studentami, zatrzymywany przez milicję.

Został odznaczony Krzyżem Wolności i Solidarności.